新疆生产建设兵团医院（简称兵团医院）前身为1954年10月成立的新疆军区生产建设兵团运输处卫生科门诊部。69年来，跟随兵团发展改革的步伐，医院在定位、规模、地点及名称等方面历经了十余次变革，最终于1982年6月正式更名为新疆生产建设兵团医院，1991年11月成为石河子医学院第二附属医院（现为石河子大学医学院第二附属医院）。

目前，兵团医院已发展成为兵团设在新疆首府乌鲁木齐市唯一一所集医疗、教学、科研、预防、保健、应急于一体的综合性三级甲等医院，是新疆医科大学、石河子大学医学院、塔里木大学医学院的教学医院，承担着兵团、自治区、乌鲁木齐市广大人民群众的健康救治任务；担负着兵团及全疆疑难危重疾病的诊治以及突发公共卫生事件的救治和兵团红十字会、兵团民兵应急救护任务。

目前医院本部占地面积3.5万平方米，业务用房面积8.4万平方米，编制床位800张，开放床位900张。设有27个临床科室，13个医技科室，13个辅助科室。拥有享受国务院政府特殊津贴专家6人，兵团突出贡献专家2人，兵团学术技术带头人1人，全国名中医、兵团名中医1人。兵团医院是国家级住院医师规范化培训基地（16个专业），拥有1个国家级重点专科（医学检验科，2014年1月成为ISO15189认可实验室），3个国家级医学中心（胸痛中心、高级卒中中心、房颤中心），14个省级临床重点专科，2个省级医学中心（兵团眼科中心、兵团呼吸中心），10个省级质量控制中心（兵团心血管疾病介入诊疗质量控制中心、兵团临床检验专业质量控制中心、兵团临床输血质量控制中心、兵团消毒供应质量控制中心、兵团药事管理质量控制中心、兵团呼吸内科医疗质量控制中心、兵团脑卒中医疗质量控制中心、兵团单病种质量控制中心、兵团医学影像质量控制中心、兵团临床路径质量控制中心），6个兵团（省级）培训基地（兵团PICC专科护土培训基地、消毒供应从业人员培训基地、血液透析专科护士培训基地、骨科专科护士培训基地、糖尿病专科护士培训基地、中医护理适宜技术培训基地）。