研究所拥有先进的科研、教学、医疗设施和仪器设备，总值超过5000万元，拥有独立的基础实验室，面积达3000平方米，主要研究方向为突发性呼吸系统传染病、哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病（CO
PD）、肺癌四个领域。在长期的研究中，逐步形成了哮喘、COPD、重症监护、肺炎、慢性咳嗽、微创胸外科手术、肺移植手术等临床诊疗特色，处于国内先进水平。

在2003年抗击SARS战斗中，全所在钟南山院士的带领下，较早确立了广东SARS的病原，总结了"三早三合理"的防治措施，牵头制定了相关指南；率先提出"将危重SARS患者集中到有良好救治条件的地方"战略，并主动承担救治广东省危重SARS病人的任务，取得高治愈率、低死亡率的成绩；率先倡导国际间科学协作，积极组织和推进全国大协作，发挥了重要的学术辐射作用，成为抗击SARS战场的"中流砥柱"。因工作突出，受到了党中央、国务院和社会各界的高度赞扬，被授予"全国五一劳动奖状"、"全国先进基层党组织"等荣誉称号。

2005年，研究所与中科院广州生物医药与健康研究院在流感/禽流感、肺癌、哮喘等项目合作的基础上，基于双方对临床与基础融合带来的学科交叉所产生优势互补，以及产学研一体化发展前景的共同认可，成立联合实验室，以期探索一条具有中国特色的"基础医学与临床医学有机融合"的临床学科重点实验室发展道路。

展望未来，呼研所将全力以赴，为建设成"规模适度、竞争力强、成为国内呼吸病系的学术研究中心、临床诊疗中心、科技创新中心和人才培养中心"的目标而努力奋斗！以国家队的胸怀和业绩更好地服务社会，为构建和谐社会为做出自己应有的贡献！