首都儿科研究所先后8次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，16次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50年来，经过几代人的不懈奋斗，研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。

首都儿科研究所和附属儿童医院地处北京市朝阳区雅宝路2号，占地面积28815平方米，建筑面积10万余平方米。全所院现有员工1200余人，其中专业技术人员占84%，具有高级专业技术职称的有120余人。所内有国家级和市级突出贡献专家7人，享受政府特殊津贴的专家22人。

首都儿科研究所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有博士生、硕士生导师40余名。目前，已培养博士、硕士200余人，有10名青年科技骨干入选北京市科技新星。科研、临床人员每年在各种核心期刊、学术会议、专业刊物发表论文百余篇，其中SCI文章30余篇。现有百余名留学人员学成回国。

首都儿科研究所1958年建所初期，研究所设立了基础研究、儿童保健、临床治疗三大部门。多年来，研究所以“儿童保健群体医学研究”、“儿科疾病基因和生物技术研究”、“儿科感染的实验诊疗技术研究”为特色，设有儿童早期综合发展研究、卫生发展研究、流行病学研究、生长发育研究、病毒学研究、分子免疫学研究、生物化学研究、生物技术研究、遗传学研究、细菌学研究等十个研究室。常年承担着国家、卫生部、国际组织和国际间的多边合作类和北京市一系列重大项目和课题的研究，其中有国家973、863项目，北京市科委重大项目，国家自然科学基金和市自然科学基金项目。内容涉及胚胎发育、出生缺陷、婴儿喂养、生长发育、儿童常见和疑难疾病、人口健康、社区医疗等方面。一批优秀研究项目先后获奖，其中有国家级奖7项、卫生部和北京市各类科技进步奖80余项。

首都儿科研究所内设有世界卫生组织儿童卫生合作中心、中国儿童卫生保健疾病防治指导中心、中-加儿童健康研究合作中心、北京市感染与免疫中心实验室。是中华预防医学会儿童保健分会、中国儿科医师协会的主任委员单位。研究所多位知名专家担任全国专业性学会、协会领导职务。中国关心下一代工作专家委员会、宋庆龄基金会儿科奖励基金委员会、中国社区卫生协会等国家级专业学会办公机构设在本所。2010年，北京市卫生局批准在研究所建立“北京市儿童成人慢性病防治中心”，组织、协调和推进北京市儿童成人慢性病防治和研究工作。

首都儿科研究所，病毒研究室以儿科常见病毒及新发现病毒感染性疾病的病原学研究为重点。确定了婴幼儿重症呼吸道感染的病毒病原;作为北京市感染与免疫中心实验室之一在确定肠道病毒与病毒性心肌炎的病原关系及柯萨奇病毒致心肌炎的实验研究方面作了大量的工作。作为卫生部传染病监控网络实验室、国家流感监测网络实验室、北京市禽流感网络实验室和一级复核实验室，在全市疾病防控工作中起着重要的作用。

首都儿科研究所，分子免疫研究室搭建起包括分子生物学技术、分子免疫技术、动物模型、抗病毒药物的筛选、流式细胞术对细胞免疫和免疫分子的测定的技术平台。目前承担着国家重点基础研究发展规划项目、国家、北京市自然科学基金等项目。