医院建筑面积近4万平方米，设置床位300张，目前已设立以小儿血液肿瘤中心、小儿心脏中心、神经罕见病中心、消化中心、儿童早期综合发展中心、过敏性疾病诊疗中心、小婴儿门诊、NICU、PICU、皮肤诊疗中心、口腔舒适化诊疗中心等为重点的36个专业科室，致力于为不同患者提供基础医疗、特色专科及国际高端服务。医院成立以来，门诊量、住院量逐年保持高速增长，年门诊量已达30万余人次，年住院量1万余人次。

2015年6月1日正式开业以来，北京京都儿童医院不仅以其责任担当与医资实力备受市、区各级领导赞誉，更与头部资本强强联手，首次提出医、教、研、服、资五位一体标准化体系，重视科研投入与人才梯队建设。以其高效、灵活的决策机制，任人以贤，明德公正的人力资源管理模式，敢为人先，实事求是的资源倾斜体系，吸引着一批批行业知名专家和青年才俊加入。以传承、合作、创新、引领为主旨，建设老中青结合的人才梯队，优势学科以年为单位迅速形成。

2015年，儿科终生成就奖获得者吴敏媛教授携手孙媛教授，牵头成立血液肿瘤中心，下设6个病区，包括3个普通病区、2个移植病区、1个VIP病区，以及血液实验诊断中心、血液肿瘤门诊、PICC门诊、舒适化治疗中心等，合计床位100余张，百级洁净仓19个，是国内目前规模最大的儿童移植中心之一，牵头自体脐带血移植治疗重型再生障碍性贫血，以及造血干细胞移植治疗儿童噬血细胞综合征等多中心研究协作组。

2016年，世界卫生组织儿童卫生合作中心主任、中华预防医学会儿童保健中心主任戴耀华教授获聘荣誉院长，牵头成立儿童早期综合发展中心。根据中国孩子成长特点制定科学、规范、系统化的全方位儿童成长保健跟踪服务模式，获卫生部官员及联合国儿童基金会的肯定与高度评价，目前该模式已推广到全国各级妇幼保健院。

2017年，全国政协第十二届常务委员，教科文卫体委员会委员刘迎龙教授牵头成立小儿心脏中心，设立先天性心脏病三级防治培训基地，术前病房、术后病房和CICU病房齐备，年手术数百例。

2018年，北京京都儿童医院中心实验室建立，实验室占地面积800平方米，聘请佛罗里达大学医学院癌症中心免疫学主任张隆基教授、美国辛辛那提儿童医院分子遗传实验室张克健主任，美国洛杉矶儿童医院Stuart Sigel教授为客座教授，配备美国lllumina基因测序仪、华大基因测序仪、ikon Ci-S双人共揽显微镜等各类专业设备，可开展各类标本细胞形态学分析，流式细胞学检查、PCR、基因检测、细胞免疫治疗、CAR-T、基因修饰和治疗。2019年，中心实验室与华大基因签署战略协议，联合打造国内第一家儿童精准医学联合中心和精准基因治疗中心。双方共同开展临床检测服务、样本以及大数据积累、技术开发、科学研究、产业推广及教育培训，引领基因组学技术在科研和临床的应用、加速基因组研究成果的医学转化。

2019年成立了北京京都儿童医院学术发展委员会成立，包含了全国各学科顶级儿科专家。在学术发展委员会专家的引领下，以医联体做基础，牵头成立神经罕见病中心，与 301、北大医学部联合申报临床研究项目，肾上腺脑白质营养不良、结节性硬化、早老症、胃食管反流病、炎性肠病等各类协作组、 多学科综合治疗（MDT）随之成立。致力于打造全国儿童疑难病、遗传罕见病诊疗中心；并由中华医学会儿科学分会消化学组副组长徐樨巍牵头成立国内一流的儿童消化中心。

同年，儿科终生成就奖获得者韩玲教授牵头的心脏内科正式接诊，建设专业有特色、服务有水平、管理有规范的一流临床科室。

儿科终生成就奖、北京急诊卓越人物奖获得者宋国维教授为首席专家，小婴儿门诊、NICU、PICU开放，医院受聘“国际SOS”、“999”签约单位、北京市危重新生儿抢救转会诊网络指定医院。

刘晓雁主任牵头，倾力打造全国儿童皮肤医生培训基地及以儿童常见和疑难皮肤疾病的诊断、治疗和科研为一体的皮肤病诊疗中心。

过敏性诊疗中心正式开诊，获中国儿童哮喘标准化门诊资格认证。

口腔舒适化治疗中心开诊，整体面积近1000平米，设有普通诊室8间 、VIP诊室5间，VVIP诊室3间，全麻口腔手术治疗室2间。配备各类先进设备，成为目前北京最大的儿童口腔舒适化诊疗中心。

2020年，线上互联网诊疗平台即将面世，全国连锁化扩张及品牌、技术、管理输出即将展开，京都人不忘“用心呵护·掌上明珠”的誓言，必将掀开新的历史篇章。

未来的北京京都儿童医院仍将秉持合理的价格、一流的诊疗技术、优美的就医环境、优质的服务体系，并以学科建设为核心、以健康数据为基础、以家庭为入口，覆盖从医疗到健康全成长周期，成为综合线上线下多种手段的儿童医疗健康服务品牌和平台。