乌鲁木齐市妇幼保健院始建于1951年，是乌鲁木齐市卫生健康委直属医疗机构，是集预防、保健、医疗、护理、科研、教学、培训为一体的三级甲等妇幼保健机构，2013年至2021年加挂“自治区妇幼保健院”牌子并与自治区妇幼保健中心合署办公，为全疆妇女儿童提供妇幼健康服务，承担全疆妇幼健康业务管理和技术支持工作。同时，医院是北京协和医院、中国中医科学院各医院、北京大学各附属医院、东南大学附属中大医院、中国疾控中心妇幼保健中心的常年对口援疆单位。按照自治区卫生健康委要求，牵头组建的自治区妇幼保健专科联盟已覆盖全疆152家成员单位。2018年11月，根据“一院两址”运营战略，开始全面运营管理乌鲁木齐市友爱医院。目前拥有两个院区，分别是二道桥院区和友爱医院院区。

二道桥院区占地约6.5亩，建筑面积约4.5万平方米，编制床位400张，实际开放床位336张，现有职工1000余人，研究生导师25人次，正高二级专家8人，承担全疆90%以上的产前诊断量，年分娩量近万人。医院按“四大部制”管理，设孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部、生殖健康保健部，其中孕产保健部和儿童保健部是国家孕产保健、新生儿保健特色专科。开设产科、妇科、新生儿科、中医妇科、生殖医学科等47个业务科室，包括产前筛查与产前诊断、新生儿疾病筛查、新生儿重症转运、重症孕产妇救治、妇科疾病诊疗、生殖医学、盆底康复7个临床中心，其中大产科和大妇科为自治区级重点专科，产前诊断中心、新生儿科、儿保科、病理产科为乌鲁木齐市级重点专科，建有新疆“罕见病实验室”。

友爱医院院区占地约78亩，一期总建筑面积6.2万平方米，编制床位450张，实际开放床位300张，现有职工600余人。按照“一院两址”差异化融合发展模式同质化管理，是妇女儿童医疗特色突出的公立三级综合医院，满足乌鲁木齐市城乡居民基本医疗服务需求，面向全疆提供妇女儿童特色专科医疗服务，辐射周边地区，面向中亚及周边国家提供国际医疗服务。该院区2018年11月投入使用，2019年6月6日全面运营，开设妇产科、内科、外科、儿科、耳鼻喉科、重症医学科、急诊医学科、健康管理中心等36个业务科室。国际医疗服务部已提供门诊服务。